忍者ブログ
日常に潜む疑似科学的なことをメインに食指の動く方にのらりくらりと書いていく雑記です。
[1]  [2
×

[PR]上記の広告は3ヶ月以上新規記事投稿のないブログに表示されています。新しい記事を書く事で広告が消えます。

最近の話なのですが、再現性が取れないんです、と後輩と学生さんから相談されてそれぞれ違うアドバイスをしたので参考までに書いておきます。
別に9割方完成していた記事を消しちゃったからその代わりなわけじゃないです。
めちゃめちゃ筆が乗ってた時にバッテリーが切れて「あ。」とかそんなんじゃないです。


後輩くんの場合。
私の研究を引き継いでもらいました。


後輩くん「先輩の実験の再現性が取れないんです。僕の操作が悪いんでしょうか。こういう結果が出るのはなんでなんでしょう?」

「(知らんがなw) うーん、とりあえず試料を取ってきた株が正しいかを確認してみるべきかな。プライマーとかあるはずだからPCRで良いと思うよ」

後輩くん「先生たちにも『とりあえず株が正しいかチェックしなさい』と言われました」

「うんうんそうだろう。君の場合、私のデータと矛盾する結果が出てるんだけど、いちおう君の実験単独では再現性が取れてるわけだから操作がまずいっていうのはないと思う。それでもなんで先生が『とりあえず株が正しいか……』って言ったか、わかるかな?」

後輩くん「それは……先輩の実験操作の方が信頼できるから、ですか……?」

いやいや違う違う。私は実験結果を4つ出したけど、それぞれの結果は矛盾しないし私(たち)の立てた仮説とも整合性が取れる。それに過去の論文や報告とも矛盾しないんだよ。だけど、君の出した2つの結果は一部が矛盾するだけでなく、私の結果を含む過去の知見とも矛盾してしまうんだよ。だから、とりあえず『君の出したデータが間違っている可能性を排除しましょう』という意味で株をチェックしよう、という話になるんだよ」
「それでも株が正しければおそらく君の操作に問題はないだろうから、君の結果は正しいんだと思う。だから、私の実験を含めた過去の知見と整合性が取れなくても君の出した結果はおそらく事実なんだろうから、そのときはどういう仮説が成り立つか考えよう」

「あ、でもその試料の取り方が私と違うから、念のために遠心でのWashの回数を1回から3回にしてみてね」



学生さんの場合。
修論の書き方がわからないと言われました。
大丈夫か、あと1か月しかないぞ!

学生さん「先生に修論をどうまとめるか簡単に書きだしなさいって言われたんですけど、考察のところをどう書いたらいいんでしょう」

「(これはまたあっさり投げたなw)今までにいくつか実験してるよね。とりあえずそれぞれの結果について言えることを過去の研究や論文を引用していいから説明してみる。その後にそれぞれの個別の考察をまとめたら何が言えるかを考えてみる。だから実は緒論なんかは最後でもいい」

学生さん「そうなんですけど、どういう順番で説明したらいいか……実験した順番じゃないんですよね」

「そうだね。相手に理解してもらうのが大事だから『どの順番なら伝えやすいか』を考えてみよう。その順番が実験順だったらそれでも良いのだけど、以前に『実験順に説明しても聴いてる方はわからない』と指摘されたよね」

学生さん「そうなんです。だからどうまとめていいか」

「あなたが修論でどういう結論を述べたいか、によるかな。たとえば卒論では、in vitroにおいてXという酵素はA、B、C、Dという(共通のドメインを持つ)酵素の活性を阻害するけれど『in vivoではAという酵素の活性のみ阻害している』という結論だったよね。今あるデータで、AとCの関連性の話をしたいのか、それともXの話をしたいのかによっても並べ方は変わってくるよ」

学生さん「ええと……、XがAだけじゃなくて、in vivoでもA~Dすべての活性阻害に関わってる、と言いたい、らしいです(←先生が言ってるからまだよく理解できていない)」

「うんうんなるほど。そうしたらまずA~Dの働きや欠損株でどのような形態になるかを説明して、その後でXを欠損させたり過剰発現したときの話をする。卒論のときとどう違うのかをさらに説明する、で良いんじゃないかな」

学生さん「あと、先輩方の研究を載せてもいいというので、これとこれとこれも足したいんですけど、並べ方もわからないしO先輩のデータの再現性が取れないんです」

(データの確認)

「Oくんの結果と矛盾するけど、3種類の株で同じ結果が出てるしあなたの結果は正しいような気がする……」
「Aには厳密に言うと二つの異なる働きがあるって論文をこの前投稿したよね?Hさんのデータとあなたの仮説を合わせるとあなたの結果の方が整合性が取れる、気がする。……うん、今までの知見とも合うし、Oくんの結果はあのときはあれで正しいようにみえたけどここまでデータが出てくるとあなたの結果の方が正しいんじゃないかな。あなたの方がいろいろ試してみてるんだし」

学生さん「うー……たぶん、ちょっとわかってきたような気がします。また相談してもいいですか?」

「あ、はい。あんまり参考にはならないかもしれないけどいつでも相談してください」



ちなみに私の場合。
先輩の再現性確認実験を行って、10のうち1つが再現性が取れなくてものすっごくいろんな方法で再現性を取ろうとして結局「先輩の方が間違ってるね」で落ち着きました。

矛盾する結果を覆すためには、その結果が出た実験以外にもいろいろ試す必要があります。
同じ実験をしただけではどちらが正しいのか判断しようがありませんよね?
私の場合はとある欠損株でとある酵素の局在を調べていたのですが、
・抗体で検出して蛍光顕微鏡観察
という実験以外にも
・細胞表層と上清の酵素の存在量確認(Western)
・転写量の比較(Northern)
などを行いました。
そこまでしてようやく納得してもらえました。


すべてに共通することは、判断するのは私や彼らですが、その判断の基準は私や彼らの外側にあるということです。


たとえば後輩くんの例。
私の出した結果ですが、その判断の根拠は「私の実験操作が信頼できるから」とか「私が正しいと思うから」ではありません。判断の基準は「私」にはなくて、今までの研究や論文にあります。
基準がにはないのでが判断してもそれが正しいかどうかを誰か(第三者)が判断することができます。
これは次の学生さんの例で確認できます。
学生さんとOくんのデータを第三者の私が確認しています。
ぶっちゃけて言うのなら私はOくんの方が優れた研究者だと思っています(ごめんなさい)。しかし学生さんの結果の方が正しいだろう、と私は判断しました。そう判断するための基準が私の中ではなくて外側にあるからです。彼らに対する私の評価とか仮説の好みとかはまったく関係ありません。おそらく学生さんがちゃんと理解してまとめて説明できればみんな学生さんの方が正しい(妥当な結果)だろうと言うと思います。



研究における科学的な手続きというのは、大雑把にいうとそんなものです。
分野によっても多少異なりますが、
1.自分の出したデータ内での整合性
2.過去の先輩のデータとの整合性
3.過去から現在まで蓄積された知見との整合性
は合わせる必要があります。
合わない場合は私が行ったように合わないことを証明する必要性が生じます。


たとえば、

「私が正しいと思うから正しいのだ」
「私がそういう結果を出した(そういう体験をした)から正しいのだ」

と言われた場合、それは確かに主観的には正しいのです。
「私」にとってはそれは「事実」なのです。
それは、科学の領域以外では十分に成り立ちます。
私もあなたも両方正しい、こういうことは十分に起こりうるのです。
ところが科学研究の場合はそれが成り立ちません。
「私」の外側にある基準に照らし合わせてみるとどうも整合性が取れない。そういう場合はどちらかが間違っています。
そしてたいていは「私」が間違っています。
だから「私」が間違っているかどうかの確認を研究者は真っ先に行います。
それをしないで「いや私は正しいんだ」という人は研究者としてどうだろう?と思うし、科学の名を汚すなと私は言います。
お前のやってることは科学じゃねーんだよ、と。


最後に今までの話を覆すようですが、特に研究が活発な分野では論文になっているからといって絶対正しいとは限らない、というのも頭の片隅に置いておくと考察の幅を狭めないかもしれません。
しかし、間違いを指摘する場合にも、その論文を間違いとする場合にはそれを上回るデータ、つまり証拠が必要である、というのは覚えておいてください。
しかも、間違いを指摘したのが間違いだった、と言う場合もなくはないので、ほとんどの場合は決定的な証拠が積み重なるまでは直接的な指摘は行われません。

だから面倒くさいのですけどね……。



あ、あと、学生さんにもっと役に立ちそうなアドバイスをすると、誰かに相談をするときは株のgenotypeや簡単なプロトコル、図や表など、とにかく資料はたくさん持っていきましょう。
二つ以上の遺伝子を潰すと、自分以外は図やgenotypeを見ないと株の素性を理解できないだろう、と考えておいてください。仮に先生や先輩や後輩が理解できていたとしても、卒論・修論発表、学会発表のときはそれをしなきゃいけないので普段からわかりやすさには留意しましょう。
また、理解している人同士でも資料があったほうが間違いや勘違いは減ります。
そのためにデータは常にまとめておきましょう。

拍手[12回]

PR
定期的にうちの大学からアクセスがあります(笑)いや笑えません。
たぶん私が誰かもわかってると思います…。
いや、まあ日本語のページってのはほとんどないからここに来ちゃうのはわかる。他の大学とか企業とかからもアクセスがあります。そんなにいい情報はありません。

参考程度にと書いた私も悪かった。
私がこの情報が欲しかった4年生のときに日本語のページがネットにはほとんどなくてとても大変でした。
だから、teichoic acid(なぜかこっちでの検索は来たことがない・苦笑)に関しては日本語の少し詳しめの文章を書いて検索の足掛かりとして置いておこうとは思ってました。
で、今非公開中の「【メモ】研究の覚え書き」もそういう意味で置いてたんだけど、どうも私の方が推測で書いていること(思いつきをメモしていたので当然です。でも読みなおしてみたら結構忘れてたのでやっぱりメモしておいて良かった)と、それを当てにされても困るので非公開にしました。

私は直接言ってもらわないと動かない人間なのでもし何か聞きたいこと(そんな適当なこと書くのはやめろとか)があれば言ってくれないとわからないです。

とりあえず今のところ
・teichoic acidに関してこれ以上深く調べるつもりはない(もちろん教えてもらえばメモはするけど原則非公開。lipo-についても同様)
・研究のことは守秘義務違反になるようなことは一切書く予定はない(当たり前ですよね。基本的なところはちょこちょこ書くかもしれないけど)
・コメントがあるときは匿名でお願いしますね(本名でもいいけど、それに伴うリスクは私は負いません)


そのへんさえ理解していてもらえれば、ブログに来るのは自由ですし、「あいつ適当なこと書いてやんの」と思ってもいいですし(でもできれば指摘してほしい)、質問してもらってもいいです。
今のところアク禁(アクセス禁止)はしないつもりですけど、今後の動向次第ではいきなりアクセスできなくなることもあることをご了承ください。(それぐらいに大学からのアクセスが相対的に多い)

で、書きたいことは他にあったんだけど忘れたかも(苦笑)

タイトル変更しました。
身バレしたくないのに呼び寄せそうだったので。

拍手[0回]

next49さんの「君の卒論は文学的なので……」(発声練習)を読みました。

君の文章は文学的表現なので(冗長すぎる)

と言いたい人が片手に足りないほどいる。

ついでに、私も修論書いてる時に「とても」とか「すごく」とか「〇〇な細胞は△△の条件よりも××の条件のほうが多く観察された」とか書きそうになったなぁ。
まあ下書きなら許されるけど、すべて数値を入れたり論文引用したりしたなぁ。今となってはいい思い出…か?

はい、以下蛇足。

たとえば、2%っていうと日常的には小さい値だよね。
だからって科学的な話で2%を「ごく少ない(小さい)」としていいのか。
これは「何」と比較して「ごく少ない(小さい)」のか。

95%と2%を比較したら2%は「ごく少ない(小さい)」だろう。
私の修論では主に80%以上のマジョリティと10%以下のマイノリティの「見てわかる圧倒的な差」の比較しかしていない(それは私がテーマに恵まれただけ)けれど、たとえば2%と2×10-5%の比較だってありうる。(下手するともっと差が小さい場合だってある。ここから新しい発見を見出してくるのはすごく大変だろうと思う)
そうすると今度は反対に2%は「ごく少ない(小さい)」わけではなくなる。

前者の2%と後者の2%は集団の中で占める割合(絶対評価)は同じなのに、その重要性(相対的評価)は格段に違う。
この二つを同じようにくくり「2%だからごく少ない(小さい)」と論じる人がいたら、その人の論理展開は粗雑であると言わざるをえない。だから絶対値しか考えずに「だから、ごく少ない(小さい)」と言える人はきっと科学をわかっていない。
私も4年生のときに統計処理のマジックに騙されたし。


文学的表現でもいいけど、相手に伝えることを考えると文学的修飾は本当に必要なの??と思わざるをえないときが往々にしてある。

拍手[0回]

今日ですね、オリンパスの顕微鏡とZeissの顕微鏡を見ていて、赤色が違うのに気付きました(遅っ!
あんまりZeiss使わないので…ごにょごにょ…。
ただ違いがわからない女なだけです(えっへん)

一色で見ている人は励起波長とか吸収波長とかそんなに気にしてないんじゃないかな?
だって、私いままでうちの研究室の人に具体的な数値を求められなかったよ?


見た感じ、オリンパスのが吸収波長580 nm(U-MWIG2)でZeiss調べ中、Zeissがオリンパスに比べて若干朱色っぽい=吸収波長が短いんじゃないか。
緑は比較していないんだけど、もしZeissで赤色と緑色がかぶるようなことがあれば多重染色したものはZeissでは避けざるをえなくなる。
オリンパスのは励起波長470-490 nmで吸収波長510-550 nm(U-MNIBA2)があって、ある緑色蛍光色素で見たときはややかぶりがあったんだけど赤色のバックグラウンドもたぶん小さいから(現在調べ中)まあ、大丈夫だと思う。
広域の緑色フィルタ(なんだったっけ?)で見たときはたしか赤も見えたからアウト。

あー…もっとちゃんと勉強しておいて口出せば良かった。
せっかく意見を求められたのにありきたりのことしか言えなかった4年生当時の自分が恥ずかしい……ってか4年生にそんなもの求められても。

なんでもそうだと思うけど、表面だけなぞってるのと奥まで入ってくのでは全然違って、そんな知識も実力もないのに顕微鏡のことで頼られると本当にしんどいかも。って言ってても自分に関係ないところまで調べちゃうお人好しなんだよなぁ。



追記:そうだよね、使う蛍光色素の問題の方が大きいよね?
一度励起されてしまうと本来観察するところ以外でも見えてしまうものもあるのか…。
そうすると、普段「多重染色の観察は短い波長から」って言ってるけど実際は色素の性質を見極めて使わなきゃいけないのかな。

さて。結論から言うと、Zeiss全然問題なかったです。
緑のフィルタが若干、吸収波長も励起波長も広めだけど、少なくとも赤とはかぶってない。
オレンジっぽく見えるのは吸収の幅が決まってるのと、若干短い波長から捉えられるから、かな。

というわけで明日は実際の色素でバックグラウンドの高さを調べることになりました。
こまい作業苦手なんだよねー……<顕微鏡


4/27追記:
今日、研究報告聞きながら考えてたんですけど、多重染色したサンプルを見るときって波長の長いものから見ますよね。もう2年ほど一色で見てるので忘れてたんですけど、そういえば位相差→Cy3→DAPIの順番で撮ってた。もうダメダメだなぁ。

使おうとしている蛍光色素は励起波長が若干ずれてるのでどうしたもんかな。
まあちゃんと蛍光が拾えるから大丈夫なんだろう、きっと。

拍手[0回]

もう研究分野とは関係ないのだけど、枯草菌のWTAとLTAに関する論文が出たらしくコピーもらってきちゃいました。もらったからには読まねばね。
研究はもういいよ、とかWTAとはもう関係ないとか言ってもやっぱり自分が3年間携わってきたことなのでその先も知りたくなっちゃうんだよね。論文でたらとりあえず内容を知りたいし、先を越されたら悔しいし、でも自分たちが発見できなくても少しずつ明らかになってくのが面白いんだよね。

やっぱり細胞壁や細胞表層タンパク質にアクチン様骨格タンパク質が関与しているってことなんでしょうか。
うーん。なんかねー、学生だとどの論文もすげー!って思ってしまうのだけど、先生に言われて考えてみるとMreBHの話は結構うさんくさく感じちゃうんだよね。そもそも細胞外(細胞表層)タンパク質のGFPフュージョンってどうなの?そんな大きいものくっつけちゃっていいのかよーって思っちゃう。

なんというか、枯草菌でもとうとうLTAの話が出たかーという印象です。
いや、前からありますけど、個人的には熱くなってきたなぁと思ってます(笑)ま、いろいろあるんですよう。
LTAの話が上手くつながるとこのへんのことは一段落着くんじゃないでしょうかね。5年もかからないと思います。

拍手[0回]

ブログ内検索
カレンダー
09 2017/10 11
1 2 3 4 5 6 7
8 9 10 11 12 13 14
15 16 17 18 19 20 21
22 23 24 25 26 27 28
29 30 31
最新コメント
(09/07)
(08/12)
(06/15)
(06/15)
(06/11)
(06/11)
(05/24)
(05/24)
(05/24)
(05/23)
カウンター
アクセス解析
Copyright © azure blue All Rights Reserved.
Designed by 10p
Powered by Ninja Blog

忍者ブログ [PR]